Huỳnh Liên sinh khoảng năm 1913/1914 tại Quảng Ngãi.[lower-alpha 1][4] Vốn là người luôn giữ kín thông tin về bản thân nên không ai rõ ông có xuất thân thế nào.[lower-alpha 2] Tuyên bố bắt đầu hành nghề bốc quẻ từ những năm 1930,[4] Huỳnh Liên vào Sài Gòn làm thầy bói ở chợ Bến Thành những năm đầu thập niên 1960. Do có biệt tài xủ quẻ ngày xuất hành, buôn may bán đắt nên ông nhanh chóng thu hút được sự chú ý và tín nhiệm từ giới tiểu thương.[5] Theo lời kể của một số người, dưới tác động của vợ là bà Nguyễn Thị Mai Anh, Nguyễn Văn Thiệu – khi đó còn đeo lon đại tá – đã mời Huỳnh Liên về nhà xem vận mệnh. Huỳnh Liên phán rằng: "Ông đây cầm tinh Giáp Tý, năm Quý Mão (1963) tất gặp chông gai. Ông phải đích thân đứng ra đẩy bật tảng đá chắn đường mình đi, nếu không thì mạng vận của ông sẽ bị tảng đá này đè nát." Ông Thiệu tin lời, quyết định tham gia phe đảo chính lật đổ Ngô Đình Diệm, Ngô Đình Nhu.[6] Tuy nhiên, cũng có ý kiến cho rằng, Đại tá kiêm thầy bói Đỗ Mậu mới là người thuê thầy Huỳnh Liên đến xủ quẻ để ông Thiệu đồng ý tham gia đảo chính.[7]

Trước thềm bầu cử tổng thống năm 1967, Nguyễn Văn Thiệu chi tiền cho Huỳnh Liên thuê một góc báo để quảng cáo lá số tử vi "tam trùng quý số", "chân mệnh đế vương" của mình nhằm phục vụ cho hoạt động vận động tranh cử. Tháng 10 năm đó, ông Thiệu đắc cử Tổng thống. Thầy Huỳnh Liên – với việc tiên tri đúng về người đắc cử – được giới báo chí ca ngợi và được nhiều người tôn làm thánh sống, là "Quỷ Cốc tái thế". Sau khi tạo được danh tiếng, rất nhiều người, trong đó có nhiều chính khách, đến nhà nhờ thầy Huỳnh Liên bấm độn, xem tướng số, tài vận.[7] Nhờ làm ăn phát đạt, Huỳnh Liên tậu một ngôi nhà lớn trên đường Phan Thanh Giản (nay là đường Điện Biên Phủ, Quận 1).[8]

Năm 1972, dưới sự chỉ thị của Tổng thống Thiệu, Đại tá Trần Văn Lâm, Tổng giám đốc Việt Tấn xã – Hãng thông tấn của Việt Nam Cộng hòa – mời Huỳnh Liên cùng hai thầy bói khác là Minh Nguyệt và Maître Khánh Sơn lên đài truyền hình nói trước dân chúng về vận mệnh quốc gia.[9][10][11]